Septembre
Boisguy s'évade de Saumur mais se blesse lors de l'évasion.
14/09200 chefs chouans et vendéens se réunissent au château de la Jonchère, près de Pouancé, défendu par 1 200 hommes et fixent une prise d'armes générale pour le 15 octobre. Le commandement est réorganisé : Suzannet succède à Charette à la tête de l'armée du Bas-Poitou et du Pays de Retz à l'ouest de la Vendée et au sud de la Loire-Inférieure, Sapinaud reprend son commandement de l'armée du Centre, tandis que Charles d'Autichamp, succède à Stofflet à la tête de l'armée d'Anjou.
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Georges Cadoudal prend le commandement du Morbihan où il dispose de 18 000 hommes, puis du Finistère et des Côtes-du-Nord où il nomme respectivement Le Paige de Bar et Mercier à la tête de ces départements.
Octobre
06/10Cadoudal échoue devant Vannes, mais s'empare de Sarzeau.
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Mercier prend Saint-Brieuc.
15/10Les Chouans se soulèvent. La Chouannerie s'étend et couvre un territoire encore plus étendu qu'en 1796, l'insurrection gagne ainsi le Trégor par le biais de petits chefs locaux comme Pierre Taupin, évadé du bagne guyanais pour revenir à Tréguier venger l'éxecution de son épouse. Elle gagne aussi la Cornouaille jusque dans les environs de Quimper, ainsi que le Calvados, la Manche et l'Orne.
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Bourmont prend Le Mans avec 3 000 hommes.
20/10Châtillon prend Nantes avec 2 000 à 3 000 hommes.
Novembre
15/11Le général Gabriel d'Hédouville prend le commandement de l'armée d'Angleterre.
Décembre
04/12La Prévalaye signe une trêve.
09/12Le général Gabriel d'Hédouville ouvre des négociations auprès des chefs chouans à Pouancé.
10/12Cadoudal signe une trêve.
26/12Frotté signe une trêve.
28/12Les consuls de la République proclament aux habitants de l'Ouest la liberté religieuse. Mais Bonaparte détache 30 000 hommes des frontières et les envoie dans l'Ouest, sous les ordres du général Guillaume Brune.